Uno de los aspectos que más suele costar a aquellos que están aprendiendo Linux es enfrentarse al sistema de organización de archivos. La estructura de archivos en Linux es más organizada y estricta que en otros sistemas, lo que puede ser intimidante para los nuevos usuarios. Además los nombres de directorios del sistema son abreviaciones por lo que, al principio, resultan menos descriptivos e intuitivos que Windows.
En esta entrada vamos a describirla el objeto y funcionalidad de las distintas carpetas que integran el sistema de archivos de Linux. El siguiente esquema muestra el resumen de la estructura de archivos (pulsar para agrandar). 
/ (raíz): Jerarquía primaria. Directorio raíz (todos los demás directorios cuelgan de este) /boot (arranque): Archivos fundamentales cargados en el arranque (Grub, Kernel, initrd…). /bin (binarios): Aplicaciones binarias y comandos esenciales, necesarias para sesiones usuario único o multiusuario. /sbin (binarios de sistema): Aplicaciones de binarios y comandos de sistema, exclusivos del usuario root. /etc: Ficheros de configuración de los programas instalados, así como ciertos scripts que se ejecutan en el inicio del sistema. /etc/opt: Ficheros de configuración para programas instalados dentro del directorio /opt. /etc/X11: Ficheros de configuración para el X Window System, versión 11. /etc/sgml: Ficheros de configuración para SGML. /etc/xml: Ficheros de configuración para XML. /usr (usuario): Jerarquía secundaria. Utilidades y aplicaciones compartidos por todos los usuarios (sólo lectura). /usr/local: Jerarquía terciaria. Datos locales del usuario. /usr/share: Ficheros compartidos independientes de arquitectura (ficheros de configuración, imágenes, iconos…) /usr/bin: Ejecutables no administrativos compartidos por los usuarios. Contiene la mayoría de aplicaciones de escritorio (por ejemplo firefox). /usr/sbin: Sistema de binarios no esenciales (por ejemplo demonios para servicios de red). /usr/include: Ficheros de cabecera para C y C++. /usr/lib: Bibliotecas para C y C++ compartidas por todos los usuarios. /usr/src: Códigos fuente de ciertas aplicaciones. /var (variable): Ficheros variables y archivos temporales en general. /var/cache: Memoria caché de las aplicaciones. /var/crash: Datos e información referentes a las caídas y errores del sistema. /var/lib: Información sobre el estado actual de las aplicaciones, modificable por las propias aplicaciones. /var/lock: Archivos lock, bloquean recursos compartidos mientras están en uso. /var/opt: Datos variables utilizados por los paquetes almacenados en /opt. /var/run: Información sobre el sistema desde el último arranque. /var/tmp: Archivos temporales (no se borran entre sesiones o reinicios del sistema) /var/spool: Tareas a la espera de ser procesados (colas de impresión y correo no leído…). /var/log: Archivos de registro de sistema. /var/mail: Buzón correos o mensajes de los usuarios. /root (superusuario): Directorio raíz del usuario root. /tmp (temporales): Archivos temporales (se borra al iniciar el sistema). /dev (dispositivos): Contiene archivos que representan todos los dispositivos del sistema. /home (hogar): Directorios de trabajo de todos los usuarios, excepto el root (ajustes personales, archivos guardados …) /lib (bibliotecas): Bibliotecas del sistema, así como módulos y controladores. /mnt (montajes): Sistema de archivos montados temporalmente. /media (medios): Puntos de montaje de los medios extraíbles de almacenamiento (USB, disqueteras, CD/DVD y particiones adicionales). /opt (opcionales): Paquetes de programas opcionales para aplicaciones compartidas entre los usuarios. /lost+found (perdido y encontrado): Información relativa a reparaciones realizadas por fsck debido a un cierre indebido del sistema. /proc (procesos): Sistema de archivos virtuales que documentan al núcleo y el estado de los procesos en archivos de texto. /srv (servicios): Información del sistema sobre ciertos servicios (FTP, HTTP…). /sys (sistema): Información sobre los dispositivos tal y como los ve el kernel Linux.